Médéric de Donon, contrôleur général des bâtiments du roi, se fait construire un hôtel particulier dans un quartier à la mode, « sur deux parcelles du lotissement de la couture Sainte-Catherine acquise en 1575. »
On ne connaît pas le nom de l'architecte, mais les historiens l'attribuent à Philibert de l'Orme ou un de ses élèves, peut-être Jean Bullant.
Occupé par des artisans au 19e siècle, l'hôtel de Donon est acheté par la ville de Paris en 1975, et exproprié.
Le bâtiment se dégrade peu à peu.
Mais voici qu'intervient le fameux couple Cognacq-Jay !
Propriétaire vers 1870 d'une petite boutique sur les quais qui allait devenir l'un des grands magasins de la capitale, la Samaritaine, le couple se consacre à des œuvres sociales, comme la création d'orphelinats, d'hospices...
Mais surtout, Ernest Cognac, grand amateur d'art, se constitue une collection consacrée au 18e siècle.
D'abord installé sur le boulevard des Capucines, le petit musée est transféré par la ville de Paris dans l'hôtel Donon, en 1986.
L'architecte Réoven Vardi, qui s'occupe du réaménagement, doit remonter les boiseries dans l'espace étroit de la demeure du Marais.